Se você ja encontrou problemas para salvar arquivos maiores de 4Gb em pendrives, eu também ja encontrei, mas achei uma otima solução. O problema com pendrives é que como o tipo de partição é fat 32, o sistema não permiti salvar arquivos maiores de 4GB, diferente do NTFS, EXT3, ReiserFS, etc. Então a melhor solução seria formatar o pendrive em uma partição NTFS, que possibilitará que o disco seja acessado tanto no Windows quanto no Linux, porém o pendrive ficará inacessivel para ser acessado no Windows 98, ou piores.

Infelizmente no Windows XP, não é possivel, formatar um pen drive em partição NTFS, diferente do linux que pode formatar em varios tipos com o :

cfdisk

Porem achei uma solução alternativa para o Windows XP, onde você pode estar usando o “HP USB Disk Storage Format Tool”, no qual é um formatador de drivers, igual ao do Windows porem com mais opções, eu consegui formatar com sucesso o pendrive e só tive erro, pélo fato de meu pen drive ta com problemas.

Então procure no google e use essa ferramenta para formatar seu pen drive para NTFS, que dai será possivel salvar dados com mais de 4GB, normalmente, até mesmo em linux.

Valeu.